Muztagh Ata nằm ở phần phía đông của dãy núi Pamir, phía tây của vùng tự trị Tân Cương và phía nam của Kongur Tagh, ngọn núi cao nhất Tân Cương, hơi tách biệt ra khỏi dãy Côn Lôn do ở giữa có thung lũng sông Yarkand, do vậy nằm trong nhóm "đông Pamir"[3]. Không xa về phía bắc và đông của nhóm này là vùng đất trũng của lòng chảo Tarim và sa mạc Taklamakan. Quốc lộ Karakoram đi qua rất gần với ngọn núi này. Đô thị gần nhất với núi Muztagh Ata là thị trấn Tashkurgan, thị trấn nằm ở cực tây Trung Quốc giáp ranh với Pakistan